В-первых, кислотные дожди губительно действуют на флору и фауну водоемов — озер, прудов, заливов, а также рек.

Водяные растения развиваются в воде со значением рН>7. Если же рН<7, они начинают погибать. При снижении рН до6 погибают пресноводные креветки. При рН<5 гибнут донные бактерии, разлагающие отмершую органику. При снижении рН до 4,5 начинает погибать рыба. Гибель водной фауны при повышении степени кислотности воды обусловлена тем,что под действием ионов Н+ высвобождаются ионы алюминия из придонных пород:

А1(ОН)₃ + 3Н⁺→А1³⁺ + 3Н₂0

Алюминий же весьма токсичен. Даже небольшая концентрация его ионов (0,2 мг/л) может оказаться смертельной для рыб. Повышенная кислотность воды способствует повышению растворимости не только алюминия, но и таких опасных металлов, как кадмий, ртуть, свинец из донных отложений. Существует немалая опасность и для здоровья человека. Люди, пьющие воду с высоким содержанием свинца или поедающие рыбу с повышенным содержанием ртути, могут серьезно заболеть.

Во-вторых, кислотные дожди наносят огромный вред лесам. Особенно страдают хвойные деревья. У хвойных деревьев желтеет и опадает хвоя, повреждаются корневая система. Больше всего кислотные осадки наносят вред молодым насаждениям. При постоянном воздействии воды с повышенной кислотностью, деревья постепенно погибают.

Почвенное подкисление приводит к нарушению процессов питания растений, разрушает их корневую систему. Кислотные осадки, попадая на листья деревьев, нарушают процессы транспирации(испарения с поверхности листьев) и фотосинтеза, разрушая хлорофилл. Многообразно косвенное воздействие: кислотные осадки выступают в роли пусковых механизмов биохимических процессов, ослабляющих растение, нарушающих его рост, повышающих чувствительность к климатическим колебаниям, делающих его менее устойчивым к разным родам вредителям (грибам, бактериям, насекомым).

Леса, длительное время орошаемые кислотными дождями, выглядят, словно после пожара: голые стволы и ни одного листочка. Подобная ситуация была в Германии в период с 1972 года до 1983 года.

В-третьих, кислотные дожди существенно снижают урожайность сельскохозяйственных культур, поскольку в закисленных почвах гибнет почвенная биотопа. Только некоторые растения(крапива, щавель, виноград) любят кислую почву. Большинство же культур плохо растет на почвах с повышенной кислотностью. Например, развитие фасоли, салата, черной смородины затрудняется при рН почвы ниже 6,0, капусты — ниже 5,4,картофеля — ниже 4,9. Кислые почвы обычно менее богаты питательными веществами, поскольку хуже удерживают в себе катионы металлов, необходимые растениям.

В-четвёртых, кислотный дождь негативно влияет не только на флору и фауну, но и на человека. Вдыхание влажного воздуха, содержащего диоксид серы, весьма опасно для людей, страдающих сердечно-сосудистыми и легочными заболеваниями; в тяжелых случаях может возникнуть отек легких. Вредно это и для здоровых людей, поскольку диоксид серы обладает канцерогенным действием. Установлена достаточно тесная связь между повышением смертности от бронхитов и увеличением концентрации диоксида серы в атмосферном воздухе.

Попадая в дыхательные пути, диоксид азота взаимодействует с гемоглобином крови, затрудняя перенос кислорода к органам и тканям, вызывает респираторные, астматические и сердечные заболевания.